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Originalmente a UFT foi formada por sete câmpus. Em 2019, com a criação da Universidade Federal do Norte do Tocantins (UFNT), os câmpus de Araguaína e Tocantinópolis foram desmembrados. Assim, atualmente a UFT conta com câmpus em cinco municípios: Arraias, Gurupi, Miracema, Porto Nacional e a capital Palmas, onde está situada a sua Reitoria.
Além disso, se faz presente de norte a sul do Estado também através de seus diversos polos de Educação a Distância (EaD).